Sistema de Submissão de Resumos, I Encontro de Iniciação Científica - 2011 (ENCERRADO)

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Caracterização Filogenética das Proteínas Carreadoras Mitocondriais (SLC25))
Thales Kronenberger, Antonio Kimus Braz, Jiri Borecky

Última alteração: 2011-09-09

Resumo


Introdução

As proteínas carreadoras mitocondriais (SLC25) são parte de uma super familia de proteínas transmembrana, cuja função é o transporte de metabólitos atraves da membrana interna da mitocondria, amplamente distribuida nos grandes grupos de eucariotos. A imensa quantidade de dados relacionada a esse tema assim como classificações baseadas apenas na função das proteínas ou na estrutura do substrato, levaram a agrupar membros não relacionados evolutivamente. Apesar de alguns membros da familia SLC25 não terem função determinada, a similaridade entre as sequências e abordagens evolutivas podem oferecer pistas sobre suas funções. Enquanto que podem oferecer maiores informações sobre grupos já conhecidos como duplicações gênicas.

 

Objetivo

Construir uma hipotese filogenética por meio de uma árvore com sequências representativas das SLC25 e localizar eventos evolutivos importantes.

 

Metodologia

Construção de um banco de dados com todas as sequências de aminoácidos de SLC25 retiradas do banco online UniProt (aproximadamente 6000) e seleção (HMMer)de representativas pela presença de três domínios PF00153 (característico da familia). Dado o custo computacional e limitação de tempo de cálculo, um algoritmo de mineração de dados foi usado (CD-HIT) para agrupar segundo a similaridade e selecionar sequências representativas. Um alinhamento foi executado (comparando as sequências com um padrão de Cadeia de Markov com três domínios PF00153) e duas filogênias foram inferidas, uma por meio do método de máxima verossimilhança (PhyML, matriz WAG, suporte estatístico de aLTR) e outra por meio da inferência bayesiana (BEAST, suporte de clados com probabilidade posterior e 10.000.000 amostras calculadas com GPU).

 

Resultados e Conclusão

O estudo delineou sete grandes grupos principais (com excelente suporte estatístico) com panoramas evolutivos distintos, agrupando os 48 subgrupos descritos na literatura com correlação entre as estruturas dos substratos transportados, além de localizar duplicações gênicas e grupos não descritos em plantas e eucariontes basais