Sistema de Submissão de Resumos, I Encontro de Iniciação Científica - 2011 (ENCERRADO)

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Validação de um Modelo Simplificado para a Descrição do Sitio Ativo da Enzima Zn,Cu-SOD
Péricles Augusto do Nascimento, Mauricio Domingues Coutinho Neto

Última alteração: 2011-09-11

Resumo


INTRODUÇÃO e OBJETIVOS

Um Hamiltoniano empírico foi construído para representar o sítio ativo da  enzima Cobre-Zinco Superóxido Dismutase (Zn,Cu-SOD). Para  a obtenção de parâmetros foi utilizado um modelo simplificado do sítio ativo, constituido por um átomo de cobre (I) central ligado a anéis imidazólicos e  ligantes.  Dois ligantes foram considerados na parametrização, superóxido protonado e a forma desprotonada do peróxido de hidrogênio (OOH- e OOH respectivamente). Curvas de energia potêncial obtidas a partir da teoria do funcional da densidade (DFT) sem a relaxação dos sistema foram geradas para a determinação das constantes de força angulares e de ligação.  

METODOLOGIA

Cálculos de dinâmica molecular, partindo da estrutura cristalográfica de alta resolução (PDB código 2C9V), revelaram a tendência do modelo inicial a subestimar ou negligenciar por completo o efeito da piramidalização da geometria do metal induzida pelo ligante. Para solucionar este problema parâmetros de angulo de diédro impróprios envolvendo o Cobre foram introduzidos ao modelo, mas especificamente os ângulos N-N-CU-N e N-N-Cu-O. Diferenças de energia obtidas a partir da DFT entre configurações selecionadas foram usadas como referência para a obtenção dos parâmetros. O programa Gaussian03 foi usado para os cálculos quânticos, enquanto o pacote AMBER10 foi utilizado para todos os cálculos do Hamiltoniano empírico.

RESULTADOS E CONCLUSÃO

Resultados para a geometria de equilíbrio indicam uma melhora sensível na descrição da geometria do complexo, com a correta descrição do ângulo de piramidalização. Cálculos de dinâmica molecular para a enzima associada aos ligantes OOH- e OOH  estão em andamento.